香港特區政府除了由政府部門執行政策外，還有不少公營機構，負責政府認為較需要社會人士參與的工作。這些機構由特區政府出資成立及資助，但不屬於政府體制，較政府部門有較多的自主權，如管理全香港所有公立醫院的醫院管理局、協助香港工業發展的香港生產力促進局等。
其餘原隸屬布政司署的決策科或資源科（如：布政司署運輸科、布政司署保安科等）均改稱決策局或資源局（運輸局、保安局）
財經事務及庫務局局長在「香港金融產業助力內地企業揚帆出海」交流午餐會致辭全文（只有中文）（附圖）
公務員事務局負責香港公務員隊伍的整體管理和發展。其中三份重要文件:《公務人員（管理）命令》、《公務人員（紀律）規例》和《公務員事務規例》列出管理公務員權力的來源及執行管理工作的架構。紀律部隊人員的品行和紀律，亦受到有關紀律部隊法例的規管。
自回归以来，「一国两制」成功实践是香港长期繁荣稳定的最佳制度保障。香港几年来经历了风风雨雨，现正「由乱到治」迈向「由治及兴」的关键时刻。
第三層是部門，是政府政策的執行部門，例如衛生署、警務處等，首長皆為香港公務員。
第一層是司長和副司長，即政務司司長及政務司副司長、財政司司長及財政司副司長、律政司司長及律政司副司長。他們均是最高級主要官員，職能類似英國政府的內閣重臣，負責制訂香港特區政府最重要的政策方向和政治決定，並直接向行政長官負責，三位司長可以署理行政長官職務。
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在中英聯合聲明中予以闡明。根據中華人民共和國憲法,全國人民代表大會特制定基本中華人民共和國
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香港特別行政區公務員事務局薪級表 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
《公務人員（紀律）規例》是根據《公務人員（管理）命令》而制定的，並規管紀律處分的事宜及解僱公務員的程序。除了部分須受各有關條例管限其紀律的公務人員（主要是紀律部隊員佐級人員）外，該規例適用於其餘大部分公務人員。
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行政會議由行政長官，官守成員及非官守成員根據基本法組成，是行政長官制訂政策的顧問團。官守成員一般由各司長及局長出任，而非官守成員則由行政長官自行決定，他們主要來自其他行政機關的主要官員、立法會議員和社會人士。
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(十)香港特別行政區可以“中國香港”的名義單獨地同各國、各地區及有關國際組織保持和發展經濟、文化關係,並簽訂有關協定。